O BANCO DO EMPREENDEDOR foi a primeira organização criada e instalada pelo Programa Crédito de Confiança, implantado de um termo de cooperação assinado em maio de 1999 entre Governo de Santa Catarina, BADESC, SEBRAE/SC e FAMPESC, com a adesão de outras entidades organizadas, representantes de entidades e das comunidades que compõe a Região da Grande Florianópolis e que passaram a ser fundadoras da Organização Não Governamental BANCO DO EMPREENDEDOR.
A organização iniciou suas atividades em novembro de 1999, com sede inicialmente na Rua Almirante Alvim nº 491, no centro de Florianópolis e com a responsabilidade inicial de atender a toda região que compõe a Associação dos municípios da Grande Florianópolis. Em julho de 2002 foi certificada pelo Ministério da Justiça, como Organização da Sociedade Civil de Interesse Publico (OSCIP).
O pioneirismo do Banco do Empreendedor dentro do Programa Crédito de Confiança foi de suma importância para o estabelecimento de padrões de operacionalização e administração do modelo que estava sendo criado para operar o microcrédito no estado de Santa Catarina. O esforço inicial contou com a participação de diversos parceiros, os quais disponibilizaram espaço físico, móveis, equipamentos e recursos a fundo perdido, como foi o caso da Prefeitura Municipal de Florianópolis, do BADESC e SEBRAE e alguns voluntários que se dispuseram a dirigir a equipe operacional contratada, gerando assim as condições para sucesso do projeto.
Sob o comando de Ubirajara Câmara, representante da AEMFLO - Associação Empresarial dos Municípios da Grande Florianópolis, primeiro Presidente, a organização deu os primeiros passos decisivos para sua consolidação. Através de uma parceria com o SEBRAE/SC foi disponibilizada uma unidade móvel para atendimento descentralizado diretamente aos empreendedores, nas varias cidades e bairros que compõe a região de atendimento da organização. Alguns meses mais tarde, sua sede foi transferida para novas instalações, junto a Gerência Regional do BADESC da capital, localizada à Rua Fúlvio Aducci nº 710, bairro Estreito, onde opera até o momento.
Definido por negociação estratégica das assembleias do Banco do Empreendedor e da Casa do Empreendedor, as organizações definem a realização de uma grande parceria e o Banco do Empreendedor passa a atender, a partir de janeiro de 2014, a região Norte e Nordeste do Estado, antes atendida pela Casa do Empreendedor, incorporando todo seu pessoal e aproveitando as estruturas existentes. Com isto o Banco do Empreendedor passa a ser a maior organização de Santa Catarina com vinte Unidades de Atendimento instaladas.
Atualmente, o Banco do Empreendedor opera em municípios de várias Regiões do Estado, como o Meio-Oeste, Planalto Sul, Vale do Itajaí, Norte/Nordeste e Grande Florianópolis.